Para comprimir varias carpetas en archivos ZIP separados desde la terminal de linux.
Nos ubicamos en el directorio que contiene los directorios a comprimir y escribimos.
for i in * ;
do zip ../backup/$i.zip -j $i;
done
Parametro:
-j En mi caso solo requiero que se guarden los archivos sin subdirectorios, para eso utilizo este parametro.